Peptitleri özelleştirin

Büyük ölçekli özel peptit sentezi, sıvı bir çözeltide veya katı fazda gerçekleştirilebilir. Genel olarak, 8 amino asitten daha kısa peptitler, çözelti kimyası ile daha ekonomik olarak hazırlanır. 8 tortudan büyük peptitler genellikle katı faz kimyası ile birleştirilir. Katı faz peptit sentezi (SPP) manuel veya tam otomatik bir şekilde gerçekleştirilebilir. Kısa peptitler için manuel sentez, ölçeklenirken daha fazla esnekliğe izin verdiği ve beklenmedik sorunların daha kolay bir şekilde sorun gidermesine izin verdiği için avantajlıdır. Örneğin, bir operatör, bir elektrik kesintisi veya enstrüman arızası durumunda, koruma sırasında piperidini yıkayabilir. Ayrıca, termodinamik karıştırma manuel bir yaklaşımla daha iyi kontrol edilebilir. Öte yandan, büyük ölçekli tam otomatik peptit sentez aletleri, gözetimsiz çalışma ve sentez çalışmasının kapsamlı belgelerini belirgin bir avantaja sahiptir. Bu nedenle, otomatik peptit sentezi genellikle orta ölçekli aralıktaki daha uzun peptitlerin sentezi için en iyi seçim olarak seçilir.

Peptit sentez sağlayıcıları, daha uzun peptitlerin yüksek kalitede sentezlenmesi daha zor olduğundan, sentezlenen peptitlerin kalite seviyesi ve maksimum uzunluğu ile ölçülür. Sentezlenen peptitler, analitik HPLC ve kütle spektrometrisi ile bir QC prosedürüne tabi tutulmalıdır. Genellikle amino asit analizi ve sekanslama da gereklidir.

Biyolojik olarak aktif peptitler, artan sayıda aktif farmasötik bileşene (API'lar) ve ayrıca vazopressin, gonadorelin, leuprolid ve goserelin gibi bağımsız ürünlere entegre edilmiştir. İnsan genom projesinin tamamlanması, insan genomunda kodlanan yaklaşık 30, 000 proteinlerinin tanımlanmasıyla sonuçlandı ve biyomedikal araştırmacıların keşfetmesi için daha fazla yeni hedef molekül sağladı. Rasyonel bir tasarım yaklaşımı kullanarak belirli bir peptit veya proteinin doğal gücünü artırma olasılığını araştırmak için, bazıları miligram ölçeğinde küçük ve büyük miktarlarda peptit gereklidir. İstenen bir aktivite veya potens belirlendikten sonra, daha büyük ölçekli sentez gerekmektedir. Bunun için, küçük hayvan çalışmaları başlatmak için Gram ila Multi-Gram ölçeği gerekebilir. Çoğu zaman, başarılı doğrulamadan sonra, daha da büyük bir sentez ölçeği istenebilir. Bunlar yüzlerce gramdan çok kilo miktarına kadar değişebilir.

Verim ve paralel sentez sorunu
Farklı uygulamalar ve araştırma aşamaları, farklı sayıda peptitin sentezlenmesini gerektirir. Bir peptit ilaç keşif programı, isabet bulmak için yüzlerce (hatta binlerce) peptit taramasını içerebilir, ardından kliniğe ilerletilebilecek tek bir adayı tanımlamak için odaklanmış kütüphanelerle yapı-aktivite ilişkilerini (SAR) optimize edebilir. Bu nedenle başarının anahtarı, uygulamanıza uymak için ihtiyacınız olan paralel sentez seviyesini sağlayabilen yeterli reaksiyon gemisine sahip bir sentezleyici seçmektir1.
 

Sentez ölçeği
Ar -Ge sürecinin farklı aşamaları da farklı miktarlarda peptit materyali gerektirecektir. Örneğin, peptit terapötikleri, optimizasyon ve klinik öncesi gelişim için erken tarama boyunca hareket ettikçe gerekli miktarlar artar. Doğru peptit sentezleyici, mevcut ölçek ihtiyaçlarını karşılayacak ve hatta gereksinimleri karşılamak için ölçek için bir miktar esneklik sunabilir.
 

Sekans zorluğu ve peptit uzunluğu
Peptitlerin sentezlenmesi, bazı tortu kombinasyonlarının neden olduğu agregasyon veya ikincil yapı oluşumu gibi birçok sekansa dayalı zorluk sunabilir. Bu zorlukların üstesinden gelmek, sentezi optimize etmenize yardımcı olabilecek bir peptit sentezleyici seçmeyi içerir. Mümkün olan en yüksek saflığın aranması, reaksiyon süreleri, kuplaj reaktifi seçimi, konsantrasyonlar, reçine tipi, sıcaklık ve yapı kırma kalıntılarının yerleştirilmesi gibi birçok parametrenin optimize edilmesini içerir. Çok kanallı enstrümanlar farklı parametreleri paralel olarak test etmek için idealdir. Zor peptitleri sentezlerken deneme yanını en aza indirmenin bir yolu, ticari olarak mevcut enstrümanların yaptığı gibi atık akışını izlemek yerine gerçek zamanlı UV izlemenin kullanılmasıdır. Karışırken reaksiyon çözeltisini izleyen sentezleyiciler, verimi ve saflığı büyük ölçüde artıran reaksiyon sürelerinin süreç içi kontrolünü sağlar. Uzun peptitleri sentezliyorsanız, her adımda reaksiyon verimliliğinin en üst düzeye çıkarılması çok önemlidir, çünkü küçük verimsizlikler ve yan reaksiyonlar bile saflığı ve verimi önemli ölçüde azaltmak için artacaktır. Sentez verimliliğini artırmak için, bazı aletler sıfır ölü hacimleri sağlayan ve reaksiyon aşamaları arasında çapraz kontaminasyon sağlayan, ilaveleri, delesyonları ve katı faz peptit sentezinin diğer yaygın yan reaksiyonlarını en aza indiren akışkan bir sisteme sahiptir.
 

Özel kimyaya duyulan ihtiyaç
Sadece standart doğrusal peptitleri sentezleyecek misiniz, yoksa siklik peptitler, peptoidler veya diğer peptidomimetikler mi yapacaksınız? PNA, PMOS veya Oligos ile mi çalışacaksınız? Siklik peptitlerin sentezi genellikle özel olarak korunan amino asit türevlerinin kullanımını ve ortogonal koruma ve siklizasyon için reaksiyon adımlarını içerecektir. Peptoidlerin ve diğer peptidomimetik türlerinin yanı sıra PNA'lar, oligos ve oligomimetiğin sentezinin hepsi benzersiz monomerler ve reaktifler gerektirir. Bu tür moleküllerin hazırlanması, protokol ve şişe pozisyonları açısından maksimum esneklik sunan bir araç talep edecektir. Bu nedenle bazı aletler, doğal amino asitler için 20 pozisyonla sınırlı olmak yerine, bir sentez sırasında 40 adet amino asit veya diğer monomer kullanır. Bu özel kimyalar için kullanılan monomerlerin ve reaktiflerin çoğu pahalı veya değerli olabilir, bu nedenle bazı sentezleyiciler, hiçbir şeyin boşa harcanmamasını sağlamak için herhangi bir amino asit/monomer şişe pozisyonundan prime-free 'tek atış' ilaveleri sunar.